Богодухівський район було утворено в 1923 році, а в сучасних межах він сформувався з адміністративним центром у місті Богодухові у 1965 році.
Богодухів - одне з найстаріших і найкрасивіших міст Слобожанщини.
«Старі міста - як старі фоліанти. Що не сторінка, то окрема подія, окрема доля, окрема історія», ці слова відомої журналістки і поетеси Наталії Могилевської, літературний здобуток якої налічує не одну книгу про Богодухів, говорять про те, що кожен, хто хоч раз побував у місті, закохався в нього на все життя, адже в ньому насправді оселилася Божа аура.
У детальному описі 1571 року можна знайти відомості про розташування міста: «…за 20 верст від верхів'я річки Вільшанки на річці Мерло неподалік від Муравського шляху стоїть Богодухів».
Вже є незаперечним фактом, що на місці нинішнього Богодухова у XVI столітті була дерев'яна фортеця - Дяків острог, який переріс у Богодухівську гать - фортецю, що служила для захисту від татарських набігів, а вже пізніше вона була внесена до переліку прикордонних сторожових постів. Про це йдеться у декількох писемних джерелах і, зокрема, у Філарета, який незважаючи на існування у 1571 році Дякового острогу і на своє ж твердження, що на час приходу з Правобережної України великого гурту переселенців у 1662 році, місто вже існувало, визначив чомусь дату заснування Богодухова - 1667 рік. На цю думку спираються пізніші дослідники, статистик Семенов, автори першої російської енциклопедії.
А між є тим, в «Описах міста Богодухова» 1662 року вперше згадується нинішня назва міста і підкреслюється той факт, що в 1662 році в місті вже проживало 33 міщан і 1096 рядових черкас. Як на ті часи, то це вже не мале поселення і, зважаючи на періодичні татарські набіги і постійну небезпеку, така громада мала існувати не одне десятиліття.
Про існування кріпості й міста до 1662 року розповідається і в більш пізніших джерелах. Так, у книзі «Россия. Полное географическое описание нашего отечества» під редакцією відомого вченого В.П.Семенова (1903 р.) подається історія Богодухова від 1571 року. «Время основания города с точностью не известно, но имеются определенные данные, что он существовал уже в 1662 году; основан он был выходцами - черкасами, пришедшими сюда с атаманом Тимошей Крысой; так как в 1662 году здесь было уже 33 мещан и 1096 рядовых пашенных черкас, «хотя ни башенни окологородных укреплений еще не было, то полагают, что сюда явилась сразу весьма значительная партия черкас. Их описания пограничных сторожевых постов 1571 года видно, что на месте Богодухова в то время находился Дьяков Острог. В переписке Ромадовского 1668 года уже встречается упоминание Богодуховской гати и Богодуховских черкас, в 1681 же году Богодухов именуется городом. Свое название город получил, как полагают, от первой в нем церкви во имя Бога Духа Святого. В татарское время город неоднократно выдерживал нападения татар. Здесь существовала крепость, состоявшая из земляного вала и рва вокруг города; следы укрепления видны и в настоящие дни. Во время шведской войны в городе стоял Меньшиков и царевич Алексей Петрович».
Інші міста, маючи такі незаперечні факти, встановили б відлік історії міста саме від першої писемної згадки. Богодухівці теж не знехтували дев'ятьма десятиліттями історії свого міста і встановили історичну справедливість - датою народження Богодухова вважати 1571 рік.
Богодухівщина багата історичними пам'ятками.
На території селища Шарівка розташувався Шарівський палацово-парковий комплекс, який є пам'яткою архітектури кінця XІX - початку XX століття. Його споруди виконані у готичному та ренесансному стилях. Городища скіфського часу (V-ІІІ та VІ ст. до н.е.) збереглися поблизу сіл Хрущова Микитівка та Полкова Микитівка.
У м. Богодухові в 1992 році освячений новий Свято-Покровський храм, який був одним із перших на теренах України за період від 1917 року.
На території міста знаходиться друга кафедра Харківської єпархії, керуючим якої був Митрополит Харківський і Богодухівський Никодим.
Всього на території Богодухівського району знаходиться 12 храмів.
Божою іскрою відзначено також чимало мешканців Богодухівщини. У селі Кручик народився видатний вчений і громадський діяч, один із засновників Харківського університету Василь Назарович Каразін. У 20-х роках минулого століття на літературному небосхилі Богодухова зійшла зірка Миколи Хвильового, тут народилась просвітянка і письменниця Марія Загірня. Село Куп'єваха є батьківщиною засновника української школи фехтування П.А.Заковорота.
Є мальовничі місця в нашому краї, варті пензля художника. Не збідніла богодухівська земля і на людей, які здатні увічнити її красу на папері, полотні. Майже в 30 країнах світу знають твори талановитого майстра, народного художника М.Г.Дерегуса.
Помітний слід залишили богодухівці і в музиці. Твори В.Т.Борисова і В.М.Нахабіна увійшли до скарбниці українського музичного мистецтва.
Вагомий внесок у розвиток вітчизняної науки і культури зробив уродженець с. Заброди, відомий історик, академік Академії Наук України, Герой України Петро Тимофійович Тронько. За його ініціативою і під його керівництвом у 1962-1983 роках було видано незвичайне 26-ти томне видання «Історії міст і сіл Української РСР», створено музей народної архітектури і побуту, в районі відновлено краєзнавство.
Богодухівський край пишається людьми звитяжної праці. Трудові досягнення 26 працівників району були удостоєні високого звання - Героя Соціалістичної Праці. На жаль, час невблаганний. Тільки 2 з них - Л.З.Шабинський та М.П.Кучкова передають по цей день свій величезний досвід молодому поколінню.
Богодухівщина свято береже свою історію, кращі культурно-мистецькі здобутки, справжнім знавцем яких був Микола Семенович Бєляєв. У 1993 році у співавторстві з Н.В.Черніговою він видав книгу «Наш край - Богодухівщина», в якій відтворено історію Богодухівського краю від найдавніших часів до сучасності. За його безпосередньої участі було організовано діяльність районного краєзнавчого музею. Після виходу на пенсію Микола Семенович Бєляєв впродовж 15 років був його незмінним директором.
У грудні 2007 року на приміщенні краєзнавчого музею богодухівському патріотові і першому дослідникові Голодомору 1932 - 1933 років у районі встановлено меморіальну дошку.
Під час Великої Вітчизняної війни територія Богодухівського району тричі ставала ареною запеклих боїв із ворогом.
Визволення Богодухівщини пов'язане з результатами переможної битви на Курській дузі. Саме після оборонних та наступальних боїв 1-ша гвардійська танкова армія під командуванням М.Ю.Катукова повернула на південь і 7 серпня 1943 року звільнила Богодухів від фашистських загарбників. Богодухів визволяли частини танкового корпусу генерал-майора А.Л.Гетьмана. Зокрема, 22-а танкова бригада підполковника Н.Г.Веденічева ввірвалася в місто з північного сходу. У цей час 200-а танкова бригада полковника М.В.Моргунова, підійшовши з північного заходу, захопила залізничний вокзал. У складі корпусу діяли 1461-й самохідний артилерійський полк (командир полковник Г.Є.Нікулін), 79-й гвардійський мінометний полк (командир підполковник І.І.Бондаренко). У ході запеклих боїв загинув командир 112-ї танкової бригади полковник М.Т.Леонов, який похований у центральному парку міста Богодухова. Мабуть, серед імен тих, хто поліг на полях під Курськом, можна знайти немало уродженців Богодухівщини. Також на центральному цвинтарі Богодухова похований Ф.Д.Степанов, контр-адмірал, який 34 роки прослужив на флоті. Він приймав участь у героїчній обороні Севастополя, був нагороджений орденом Святого Володимира з мечами. Вийшовши у відставку, він оселився у Богодухові, де провів останні роки свого життя.
Більше 6 тисяч наших земляків не повернулись додому із фронту. Їх подвиги увічнені в 44 пам'ятниках та обелісках.

За доблесть і мужність звання Героя Радянського Союзу удостоєні наші земляки:

Увічнюючи пам'ять про людей, які принесли визволення від фашистського поневолення, рішенням Богодухівської міської ради названо вулиці на честь визволителів: М.Ю.Катукова, А.Л.Гетьмана, Д.Х.Чернієнка, М.Т.Леонова, М.В.Моргунова, М.Т.Нікітіна і земляків-визволителів - Б.М.Гомолка, Д.С.Загорулька, І.С.Івченка, О.М.Чалого.
Як символ незабутніх подій серпня 1943 року при в'їзді до міста застиг на постаменті славнозвісний танк Т-34, адже люди повинні знати своїх героїв, бо народ, як велика спільність, живе і має майбутнє, поки пам'ятає своє минуле, свою історію.